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Age87
Asked: 2020-03-06 18:55:43 +0800 CST

simplificação de loop

  • 772

Eu gostaria de entender o loop for abaixo e talvez simplificá-lo. Por exemplo, gostaria de concatenar os arquivos rem para cada amostra no diretório.

Arquivos:

file1.1.fq
file1.rem.1.fq
file1.2.fq
file1.rem.2.fq
file2.1.fq
file2.rem.1.fq
file2.2.fq
file2.rem.2.fq

loop for:

list=`for i in *rem*.1.fq; do echo $i | cut -f 1 -d \.; done`
for i in $list; do cat $i.rem.1.fq $i.rem.2.fq > $i.rem.b.fq; done

Posso fazer isso sem fazer uma lista? O que cut -f 1 -dfaz? E por que cat $i.rem.1.fqfunciona, mas não cat $i.1.fqse a remparte do nome do arquivo estiver entre os dois *da lista? Isso significa que ele captura tudo antes *rem*(por exemplo, arquivo1)?

files for

1 respostas

  1. Best Answer

    Tentar:

    for i in *.rem.1.fq; do
    cat -- "$i" "${i%.1.fq}.2.fq" > "${i%.1.fq}.b.fq"
done

    Talvez adicione uma verificação para a existência de arquivos:

    for i in *.rem.1.fq; do
    if [ -e "${i%.1.fq}.2.fq" ] && [ ! -e "${i%.1.fq}.b.fq" ]; then
        cat -- "$i" "${i%.1.fq}.2.fq" > "${i%.1.fq}.b.fq"
    fi
done

    O método apresentado na pergunta é propenso a erros – se um arquivo contiver um espaço, o segundo forloop pode não funcionar corretamente.

    cut -f 1 -d.corta uma string em campos (delimitados neste caso por .) e gera os campos solicitados (neste caso, apenas o primeiro). Se for dada a string file 1.whatever, ela produzirá file 1. Novamente, isso é propenso a erros, pois o padrão glob *rem*.1.fqpode retornar nomes de arquivos com anyremthing.1.fq– o *curinga corresponde a qualquer coisa (incluindo nada ).

    Uma opção melhor é fazer um único loop e usar uma expansão de parâmetro, com alguma forma de substituição dentro do loop para corresponder a outros arquivos com nomes relevantes.

    • Acima, o padrão glob *.rem.1.fqé usado – você pode querer restringir ainda mais – por exemplo. file[0-9].rem.1.fq.
    • ${param%string}é usado no loop para remover o sufixo .1.fq. Muitos shells também suportam outras formas de substituições de expansão de parâmetros – por exemplo. ${param/string/repl}.

    Além disso, geralmente é uma boa ideia citar todos "$param"ou "$(command)"substituições - caso contrário, a maioria dos shells aplicará divisão de campo e geração de nome de arquivo e você pode acabar tentando em cat file 1vez de cat 'file 1', por exemplo.

    Também não se esqueça --de marcar o final das opções se você não puder garantir que os nomes dos arquivos não comecem com -.

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