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Anna1364
Asked: 2020-02-01 16:13:48 +0800 CST

classificar um arquivo de texto com base em outro arquivo, exceto o cabeçalho

  • 772

Eu tenho um arquivo no qual a primeira e a segunda coluna são ids de indivíduos e o restante são informações de genótipo (devo mencionar que existem DUAS linhas por indivíduo). este arquivo tem uma linha de cabeçalho, mas apenas para as colunas de genótipo, não a primeira e a segunda colunas para os ids dos indivíduos).

        SNP_1 SNP_2 SNP_3 SNP_4 SNP_5
2014TOR010  1   3 1 4 4 3 3 2 3 1
2014TOR010  1   1 1 2 4 3 3 2 4 1 
06SELI0115  1   3 1 4 4 3 3 2 3 1  
06SELI0115  1   3 1 2 4 3 2 2 3 2
2014TOR011  1   3 1 4 4 3 3 2 3 1 
2014TOR011  1   1 1 2 4 1 3 2 4 2 
....

Eu quero classificar este arquivo com base em outro outro arquivo:

head sorted.snps.txt
2014TOR011
06SELI0115
2014TOR010

mas quero manter o cabeçalho. Esta é a minha saída desejada: head out.desired

      SNP_1 SNP_2 SNP_3 SNP_4 SNP_5
2014TOR011  1   3 1 4 4 3 3 2 3 1 
2014TOR011  1   1 1 2 4 1 3 2 4 2
06SELI0115  1   3 1 4 4 3 3 2 3 1  
06SELI0115  1   3 1 2 4 3 2 2 3 2
2014TOR010  1   3 1 4 4 3 3 2 3 1
2014TOR010  1   1 1 2 4 3 3 2 4 1 
....
awk text-processing

1 respostas

  1. Best Answer

    Não testado:

    awk '
NR==1 { print; next }
NR==FNR { a[$1]=($1 in a ? a[$1] ORS : "") $0; next }
{ print a[$1] }
' file1 sorted.snps.txt
    • 3

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