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user3138373
Asked: 2019-12-14 12:34:44 +0800 CST

extraindo o nome da coluna e usando-o para gerar o nome do arquivo

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#chr    fivep   threep  strand  sample1 sample2 sample3 sample4 name1   name2
chrI    9442    9492    +   0   0   0   0   na  na
chrI    12584   12631   +   0   0   0   0   na  na
chrI    12584   12679   +   16  16  15  22  na  na
chrI    12584   12727   +   0   0   0   0   na  na
chrI    12632   12679   +   13  12  16  9   na  na

Eu tenho um arquivo no formato acima. Eu quero uma saída de tal forma que eu obtenha 4 arquivos individuais como nome de saída que são basicamente as colunas sample1 , sample2 etc.

Como exemplo, isso é o que eu quero fazer:

awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$5,$4}' > sample1.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$6,$4}' > sample2.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$7,$4}' > sample3.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$8,$4}' > sample4.txt

Eu posso fazer isso para algumas colunas, mas tenho um arquivo grande com muitas colunas. Como posso fazer isso em um loop para que eu não precise digitar cada instrução awk individualmente

shell awk

1 respostas

  1. Best Answer

    Usando um loop for ( ksh93, bash, zsh):

    for ((i=5;i<=8;i++)); do
  awk -v i="$i" -v OFS="\t" 'NR==1{fname=$i".txt"}{print $1,$2,$3,$9":"$10,$i,$4 > fname}' infile
done

    Os campos inicial e final são fornecidos no for-loop. O nome do arquivo de saída é extraído da linha de cabeçalho com o sufixo anexado .txte o redirecionamento é feito em awk.

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