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Konrad Rudolph
Asked: 2019-12-04 06:21:05 +0800 CST

Por que não posso agrupar comandos sed após um endereço em um bloco?

  • 772

Estou tentando usar sedpara imprimir todas as linhas até mas excluindo um padrão específico. Não entendo porque o seguinte não funciona:

sed '/PATTERN/{d;q}' file

De acordo com meu entendimento de script sed, essa expressão deve causar o seguinte:

  • Quando uma linha corresponder /PATTERN/, execute o grupo que consiste em comandos para
    1. delete o espaço do padrão (= a linha atual)
    2. quit depois de imprimir o espaço do padrão atual

Isoladamente, tanto /PATTERN/de /PATTERN/qtrabalho; ou seja, dexclui a linha incorreta e qfaz sedcom que seja encerrada, mas após imprimir a linha , conforme documentado. Mas agrupar as duas operações em um bloco aparentemente faz qcom que seja ignorado.

Eu sei que posso usar Qem vez de {d;q}como uma extensão GNU (e isso funciona como esperado!), mas estou interessado em entender por que o acima não funciona e de que maneira estou interpretando mal a documentação.

Meu caso de uso real é (apenas um pouco) mais complexo, já que a primeira linha do arquivo realmente corresponde ao padrão, e estou pulando isso (depois de fazer alguma substituição):

sed -e '1{s/>21/>chr21/; n}' -e '/>/{d;q}' in.fasta >out.fasta

Mas o caso simplificado acima exibe o mesmo comportamento.

sed

3 respostas

  1. Best Answer

    Para produzir todas as linhas de um arquivo até a correspondência de um padrão específico (e não produzir essa linha correspondente), você pode usar

    sed -n '/PATTERN/q; p;' file

    Aqui, a saída padrão do espaço padrão no final de cada ciclo é desabilitada com -n. Em vez disso, produzimos explicitamente cada linha com p. Se o padrão fornecido corresponder, interrompemos o processamento com q.

    Seu comando real, mais longo, que altera o nome do cromossomo 21 de apenas 21para chr21a primeira linha de um arquivo fasta e, em seguida, prossegue para extrair o DNA desse cromossomo até atingir a próxima linha de cabeçalho fasta, pode ser escrito como

    sed -n -e '1 { s/^>21/>chr21/p; d; }' \
       -e '/^>/q' \
       -e p <in.fasta >out.fasta

    ou

    sed -n '1 { s/^>21/>chr21/p; d; }; /^>/q; p' <in.fasta >out.fasta

    O problema com sua expressão original é que dinicia um novo ciclo (ou seja, força a próxima linha a ser lida no espaço de padrão e há um salto para o início do script). Isso significa qque nunca seria executado.

    Observe que para ser sintaticamente correto em sistemas não GNU, seu script original deve se parecer com /PATTERN/ { d; q; }. Observe o adicionado ;depois q(os espaços não são significativos).

    • 14

  2. dnão apenas exclui o espaço de padrão: da especificação POSIX

    [2addr]d

    Exclua o espaço do padrão e inicie o próximo ciclo .

    (minha ênfase)

    O qcomando é inacessível.

    • 9

  3. Você pode obter a mesma saída (apenas as linhas antes da primeira correspondência) usando o formulário de dois endereços:

    sed -e '/PATTERN/,$d'

    Mas, diferentemente dos métodos que usam q, isso significa sedcontinuar lendo todas as linhas de entrada. Isso pode fazer a diferença em arquivos de entrada grandes ou ao ler de um pipe.

    • 1

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