adicione dois campos com letras codificadas como números separados por dois pontos nos campos 4 e 5

$ cat tst.awk
BEGIN {
    FS=OFS="\t"
    split("A:T:C:G:N:del",map,/:/)
}
{ print $0, vals2id($4), vals2id($5) }
function vals2id(vals,  arr, i, id) {
    split(vals,arr,/:/)
    for (i in arr) {
        if (arr[i] != 0) {
            id = map[i]
        }
    }
    return id
}

$ awk -f tst.awk file
NW_006532398.1  302035  C       0:0:32:0:0:0    42:0:0:0:0:0    KCND2   intergenic_region       C       A
NW_006532656.1  289636  C       0:0:28:0:0:0    0:28:0:0:0:0    CNTN1   intron_variant  C       T
NW_006532762.1  6396    C       0:54:0:0:0:0    0:0:53:0:0:0    NA      intergenic_region       T       C
NW_006532762.1  25741   C       0:0:62:0:0:0    0:43:0:0:0:0    NA      intergenic_region       C       T
NW_006532762.1  32304   T       0:60:0:0:0:0    0:0:49:0:0:0    NA      intergenic_region       T       C
NW_006532762.1  179065  G       0:0:0:45:0:0    59:0:0:0:0:0    DOCK4   intron_variant  G       A

Acredito que o seguinte script sed fará as coisas que você deseja:

s/\t[1-9][0-9]*:0:0:0:0:[^\t]*\t/&A\t/g
s/\t0:[1-9][0-9]*:0:0:0:[^\t]*\t/&T\t/g
s/\t0:0:[1-9][0-9]*:0:0:[^\t]*\t/&C\t/g
s/\t0:0:0:[1-9][0-9]*:0:[^\t]*\t/&G\t/g
s/\t0:0:0:0:[1-9][0-9]*:[^\t]*\t/&N\t/g
s/\t0:0:0:0:0:[1-9][0-9]*\t/&del\t/g
s/^\t(([^\t]*\t){4})([^\t]*)\t([^\t]*)(\t[^\t]*)(\t.*)/\1\4\6\t\3\5/

Correr com:

sed -rf script.sed file.tsv > output.tsv

Podemos fazer isso da seguinte maneira usando os utilitários Perl e sed:

perl -F'\t' -pale '$"="\t";
   /(?:^|:)(?=[1-9])/g, push(@F, qw[A T C G N del][+pos>>1]) for @F[3,4];
   $_="@F";
' file.tsv

NW_006532398.1 302035   C  0:0:32:0:0:0   42:0:0:0:0:0   KCND2 intergenic_region C  A
NW_006532398.1 302035   C  0:0:0:0:0:2 42:0:0:0:0:0   KCND2 intergenic_region del   A
NW_006532656.1 289636   C  0:0:28:0:0:0   0:28:0:0:0:0   CNTN1 intron_variant C  T
NW_006532762.1 6396  C  0:54:0:0:0:0   0:0:53:0:0:0   NA intergenic_region T  C
NW_006532762.1 25741 C  0:0:62:0:0:0   0:43:0:0:0:0   NA intergenic_region C  T
NW_006532762.1 32304 T  0:60:0:0:0:0   0:0:49:0:0:0   NA intergenic_region T  C
NW_006532762.1 179065   G  0:0:0:45:0:0   59:0:0:0:0:0   DOCK4 intron_variant G  A

sed -re '
   1{x;s/.*/A:T:C:G:N:del/;x;}
   s/\t/&\n/3;G;ba
   :b;s/\t/&\n/4;G
   :a;s/\n0:(.*)\n[^:]+:/0:\n\1\n/;ta
   s/\n//;s/\n([^:]+)/\t\1\n/;s/\n.*//;s/^//;tc
   :c;s/\t/&/8;t;bb
' file.tsv

Explicações:

• No quarto $F[3]e quinto $F[4]campos do registro atual $_(também conhecido como linha)

  determine a posição (dentro desse campo) do primeiro dígito diferente de zero. Em virtude do fato

  que ocupam 2 locais, reduzimos pela metade a posição encontrada para obter o índice de 0:matriz anônimo para esse campo.qw[A T C G N del]

• Agora é apenas uma questão de adicionar o A/T/C/G/N ou del encontrado ao array @F.

• Em seguida, extrapolamos a matriz @Fusando a $"(tab) e a imprimimos.

Suposições:

1. Sem TABs iniciais, que prejudicam a contagem dos campos na @Fmatriz.
2. O quarto e o quinto campos são assumidos como sendo one-hot, o que significa, sempre, que exatamente um número diferente de zero estará lá.
3. O quarto e quinto campos não têm nenhum número diferente de zero começando com 0.
4. O quarto e quinto campos não possuem todos os 00 para zero.
5. O quarto e quinto campos têm exatamente seis números separados por dois-pontos simples e sem dois-pontos à direita/à esquerda.