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user3138373
Asked: 2019-09-17 11:31:59 +0800 CST

Removendo linhas contendo NA em cada coluna

  • 772

Eu tenho um arquivo delimitado por tabulação que se parece com isso:

gene    v1  v2  v3  v4
g1  NA  NA  NA  NA
g2  NA  NA  2   3
g3  NA  NA  NA  NA
g4  1   2   3   2

O número de campos em cada linha é fixo e o mesmo. Eu quero remover essas linhas do arquivo acima, onde todos os campos de cada linha da coluna 2 até a última são NA. Então a saída deve ficar assim:

gene    v1  v2  v3  v4
g2  NA  NA  2   3
g4  1   2   3   2
text-processing

5 respostas

  1. Best Answer

    Com awk:

    awk '{ for (i=2;i<=NF;i++) if ($i!="NA"){ print; break } }' file

    Percorra os campos começando no segundo campo e imprima a linha se um campo que não contém NAfor encontrado. Em seguida, quebre o laço.

    • 16

  2. Usando GNU sed

    sed -e '/g[0-9]\+\(\s*NA\s*\)\+$/d' filename

    Breve explicação:

    g[0-9]\+\(\s*NA\s*\)\+$é uma correspondência de regex gseguida por pelo menos um dígito, então qualquer número de NAs com espaços opcionais entre até o final da linha.

    sed -e '/<regex>/d'exclui todas as linhas que correspondem<regex>

    Um regexp mais padrão com o mesmo significado seria:

    sed -Ee '/g[0-9]+([[:space:]]*NA[[:space:]]*)+$/d' filename
    • 10

  3. Com alldo módulo Perl List::Util:

    $ perl -MList::Util=all -alne 'shift @F; print unless all { $_ eq "NA" } @F' file
gene  v1  v2  v3  v4
g2    NA  NA  2   3
g4    1   2   3   2
    • 9

  4. Com grep:

    egrep -v -x 'g[0-9]+([[:blank:]]+NA)*[[:blank:]]*' filename

    Isso faz com que o grep não exiba ( -v) linhas onde a linha inteira ( -x) corresponde:

    • g minúsculo na primeira coluna, seguido por um ou mais dígitos
    • qualquer número de instâncias de espaço em branco seguido por NA
    • espaço em branco opcional à direita
    • 9

  5. Você poderia tentar:

    $ grep -P '\t(?!NA(\t|$))' file

$ sed -e 'h;s/\tNA//g;/\t/!d;g' file

$ perl -MList::MoreUtils=any -F'\t' -lane 'print if any { ! /^NA$/ } @F[1..$#F]' file
    • 2

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