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Início / unix / Perguntas / 541214
Accepted
user3138373
user3138373
Asked: 2019-09-12 08:03:24 +0800 CST2019-09-12 08:03:24 +0800 CST 2019-09-12 08:03:24 +0800 CST

manipulando um script de shell

  • 772

Eu tenho um script de shell que faz algumas coisas, como armazenar valores em uma variável. Como exemplo aqui está o meu script:

for i in ../../*.bam
do
        fn=$(basename $i)
        fn=${fn%_Aligned.sortedByCoord.out.bam}

        bamToBed -i $i | awk -v OFS="\t" '{if($6 ~ /+/){print $1,$2+67,$2+67+1,$4,$5,$6}else{print $1,$3-67-1,$3-67,$4,$5,$6}}' | awk -v OFS="\t" '$3 > 0' > ${fn}_pos.bed

        sortBed -g $genome -i ${fn}_pos.bed > ${fn}_n_pos.bed

        mv ${fn}_n_pos.bed ${fn}_pos.bed

        perl counter.pl ${fn}_pos.bed | sortBed -g $genome -i stdin | intersectBed -g $genome -sorted -a <(cat $genome | awk -v OFS="\t" '{print $1,"0",$2}') -b stdin -wa -wb | cut -f 4-7 > ${fn}.bedGraph

        bedGraphToBigWig ${fn}.bedGraph $genome ${fn}.bw

        a=`samtools view $i | wc -l`

        intersectBed -g $genome -sorted -c -a <(cat test.bed | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2-50,$2+400,$4,$5,$6}') -b ${fn}_pos.bed | cut -f 4,7 | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}'> ${fn}_IP_count.txt

        cat ${fn}_IP_count.txt | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}' > final.txt
done

Como você pode ver esta linha no código onde eu declarei uma variável a. Isso armazena um número. Então eu criei um arquivo de texto de 2 colunas, delimitado por tabulação ${fn}_IP_count.txt Eu quero adicionar uma terceira coluna neste arquivo onde a terceira coluna é o valor armazenado na variável apara cada linha. Como exemplo, o arquivo de 2 colunas se parece com isso:

gene1   200
gene2   23
gene3   45
gene4   10

Digamos que o valor armazenado na variável a seja 245676, então eu quero que a saída seja armazenada na terceira coluna assim

gene1   200 245676
gene2   23  245676
gene3   45  245676
gene4   10  245676

Eu tentei usando awk, mas não estou recebendo a resposta certa. Qualquer ajuda seria apreciada.

shell
  • 1 1 respostas
  • 55 Views

1 respostas

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  1. Best Answer
    steeldriver
    2019-09-12T08:06:51+08:002019-09-12T08:06:51+08:00

    Você passa outras variáveis ​​da mesma forma que está passando OFS, usando-v

    Ex.

    awk -v OFS="\t" -v a="$a" '{print $1,$2,a}'
    
    • 4

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