Estou considerando o Gentoo Linux como um possível candidato para o meu sistema. A única dúvida que tenho neste momento é sobre ferramentas binárias.
Sendo o Gentoo uma distribuição baseada em código fonte a ser construída do zero, ele pode usar apenas ferramentas binárias desenvolvidas externamente, como drivers proprietários (placa gráfica)?
Sim você pode. Embora o Gentoo seja uma distribuição baseada no código-fonte, ele suporta ferramentas e drivers binários. Como exemplo, veja como usar os drivers proprietários da NVIDIA: https://wiki.gentoo.org/wiki/NVIDIA/nvidia-drivers