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user977828
Asked: 2019-04-15 22:34:09 +0800 CST

falha ao criar uma lista de arquivos no bash

  • 772

Eu tenho uma pasta com o seguinte conteúdo de arquivo:

ls bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam  
...
bams-lab/OZBenth7_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam

Eu tentei criar uma lista de arquivos com o script bash abaixo

#!/bin/bash
# usage: sh merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 
output=$(dirname $1)
samlist=$(for sam in $1; do echo "I=$sam "; done)
cat << EOF  |cat #qsub
#!/bin/bash -l
#PBS -N merge
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=70G
#PBS -l ncpus=2
#PBS -M [email protected]

cd \$PBS_O_WORKDIR

conda activate picard
echo $samlist

picard -Xmx10g  MergeSamFiles \
      $samlist \
      O=${output}/merged.sorted.dedup.bam

EOF

mas só pega um arquivo

> sh merge_sam_pbs.sh bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 
#!/bin/bash -l
#PBS -N merge
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=70G
#PBS -l ncpus=2
#PBS -M [email protected]

cd $PBS_O_WORKDIR

conda activate picard
echo I=bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 

picard -Xmx10g  MergeSamFiles       I=bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam        O=bams-lab/merged.sorted.dedup.bam

O que eu perdi?

bash

2 respostas

  1. Best Answer

    Ele pega apenas um arquivo, porque $1 é apenas um arquivo .

    O *é interpretado quando você chama seu script, então sua chamada

    sh merge_sam_pbs.sh bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam

    é emitido como

    sh merge_sam_pbs.sh "bams-lab/1.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam" "bams-lab/2.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam" "bams-lab/3.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam"

    com $1então ser "bams-lab/1.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam".

    Você deseja usar "$@"no forloop:

    samlist=$(for sam in "$@"; do echo "I=$sam "; done)

    ou melhor substituir o loop for por printf:

    samlist=$(printf 'I=%s\n' "$@")

    ou ainda melhor para o seu caso de uso, adicione aspas e um espaço em vez de nova linha:

    samlist=$(printf 'I="%s" ' "$@")
    • 1

  2. Você declarou o script como sendo um script de shell bash, então vou assumir que é isso que você pretende usar. (No entanto, não execute com sh script; use bash scriptem vez disso. Eles podem ser shells diferentes.)

    Você pode substituir a samliststring por uma matriz de elementos de arquivo

    #!/bin/bash
# usage: sh merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 
output=$(dirname $1)
samlist=$(for sam in $1; do echo "I=$sam "; done)

    Torna-se

    #!/bin/bash
# usage: bash merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam

# Create output directory based on first filename passed to the script
output="${1%/*}"

# For all the filenames passed to the script, prefix with 'I=', and add to array
samlist=()
for sam in "$@"
do
    samlist+=("I=$sam")
done

    E agora você pode usar o array que você criou. Então, em vez disso

    picard -Xmx10g  MergeSamFiles \
      $samlist \
      O=${output}/merged.sorted.dedup.bam

    Você pode usar isso

    picard -Xmx10g  MergeSamFiles "${samlist[@]}" O="$output/merged.sorted.dedup.bam"

    Observe que citei todas as variáveis ​​quando as usei. Isso interrompe o shell de tentar processar os itens separados por espaços individuais. Além disso, se o "{samlist[@]}"não contém elementos, ele simplesmente desaparece. Dê uma olhada em Por que meu script de shell engasga com espaços em branco ou outros caracteres especiais para obter mais detalhes.

    • 0

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