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user977828
Asked: 2019-03-16 07:25:46 +0800 CST

nohup: ignorando a entrada e acrescentando a saída a 'nohup.out'

  • 772

rodei o seguinte comando

nohup conda activate shuffle_pair_end_reads && python3 shuffle_pair_end_reads.py \
    fastp-filtered-merged4racon/merge_R1.fq.gz \
    fastp-filtered-merged4racon/merge_R2.fq.gz \
    >fastp-filtered-merged4racon/merged_R1_R2.fa \
    2>merged_R1_R2.log &

mas infelizmente, consegui isso depois de pressionar a segunda vez enter

 nohup: ignoring input and appending output to 'nohup.out'

[1]+  Exit 1                  nohup conda activate shuffle_pair_end_reads && python3 shuffle_pair_end_reads.py fastp-filtered-merged4racon/merge_R1.fq.gz fastp-filtered-merged4racon/merge_R2.fq.gz > fastp-filtered-merged4racon/merged_R1_R2.fa 2> merged_R1_R2.log

O que eu perdi?

Agradeço antecipadamente,

bash nohup

1 respostas

  1. Best Answer
    $ type -a nohup
nohup is /usr/bin/nohup

    Nohup não faz parte da sintaxe do shell. É apenas um executável, o que significa que você não pode simplesmente digitar um comando arbitrário e prefixá-lo nohuppara esperar que ele seja executado com SIGHUP ignorado. No caso de

    nohup conda activate shuffle_pair_end_reads && python3 shuffle_pair_end_reads.py \
    fastp-filtered-merged4racon/merge_R1.fq.gz \
    fastp-filtered-merged4racon/merge_R2.fq.gz \
    >fastp-filtered-merged4racon/merged_R1_R2.fa \
    2>merged_R1_R2.log &

    nohupé executado com os argumentos conda, activatee shuffle_pair_end_reads. Tudo depois do primeiro &&é outro comando simples. nohupnão sabe nada sobre isso e não pode controlar o comportamento dele.

    Como está escrito, significa executar conda activate shuffle_pair_end_readscom SIGHUPignorado e, se nohupfor bem-sucedido, processe para o script python.

    Quanto ao redirecionamento de stdin e stdout, a página man declarou claramente sobre isso.

    Se a entrada padrão for um terminal, redirecione-o de /dev/null. Se a saída padrão for um terminal, acrescente a saída a 'nohup.out' se possível, caso contrário '$HOME/nohup.out'. Se o erro padrão for um terminal, redirecione-o para a saída padrão. Para salvar a saída em FILE, use 'nohup COMMAND > FILE'.

    No seu caso, a entrada do seu comando não é redirecionada, então nohupredireciona para você de /dev/null. Da mesma forma, nohupredireciona a saída padrão nohup.outpara você, emitindo um aviso (observe que isso é apenas um aviso) "ignorando a entrada e anexando a saída a 'nohup.out'" e gravando o aviso em stderr.

    Quanto ao status de saída de nohup, esta pergunta explica bem. Você precisa verificar por si mesmo por que o comando nohup conda activate shuffle_end_readsestá emitindo um status de saída de 1.

    Usar nohupcomo se fosse parte da bashsintaxe pode levar a erros engraçados. Um dos mais simples,

    nohup cd myfolder && ./script.sh &

    falhará com a seguinte mensagem escrita em stderr:

    nohup: ignorando a entrada e acrescentando a saída a 'nohup.out'

    nohup: falha ao executar o comando 'cd': nenhum arquivo ou diretório

    A primeira linha é apenas um aviso. A segunda linha explica o erro. nohupapenas tenta invocá-lo $1como um executável e cdnunca é um executável autônomo.

    Quando preciso combinar vários comandos para nohup, costumo usar a sintaxe

    nohup bash -c "long command" &

    Pode haver maneiras melhores, mas é o que eu uso. No exemplo acima, se houver realmente uma razão pela qual você não pode cdantes nohup, farei

    nohup bash -c "cd myfolder && ./script.sh` &

    Uma última coisa a ter em mente é que seu programa pode instalar seus próprios manipuladores de sinal que o tornam nohupinútil. Como mostrado nesta pergunta .

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