"nohup cat" -- escreve o conteúdo completo no arquivo de log em vez de concatenar o arquivo

Os redirecionamentos são processados ​​da esquerda para a direita.

Ao executar um comando como

somecommand >f1 >f2 >f3

o shell primeiro criará ou truncará (esvaziará) o arquivo f1, depois f2e por último f3. Em seguida, ele começa somecommandcom sua saída padrão conectada ao f3.

Para salvar a saída de um comando em vários arquivos, você teria que duplicar os dados para cada arquivo de saída. Isso é feito mais facilmente com tee:

somecommand | tee f1 f2 >f3

Isso envia a saída de somecommandpara teeque a duplica nos dois arquivos f1e f2. O teeutilitário também produz os mesmos dados em sua própria saída padrão e, no comando acima, simplesmente redirecionamos isso para f3.

No seu caso, você usaria

nohup cat fastp-filtered/OZBenth*_R1.fastp.fq.gz 2>&1 |
tee fastp-filtered-merged4racon/merge_R1.fq.gz >merge_R1.out.log &

O 2>&1faz com que o fluxo de erros catseja enviado para teetambém (isso pode não ser desejado, pois quaisquer erros corromperiam o arquivo resultante).

teetrunca seus arquivos de saída, assim como >faria. Use teecom sua -aopção para anexar dados a um arquivo de saída.

É improvável que você realmente quisesse que toda a saída catfosse gravada em dois arquivos, portanto, supondo que você deseja salvar os erros no arquivo de log e os arquivos concatenados no arquivo de saída, você faria

nohup cat fastp-filtered/OZBenth*_R1.fastp.fq.gz \
    >fastp-filtered-merged4racon/merge_R1.fq.gz \
    2>merge_R1.out.log &

sem a necessidade de usar teeem tudo.