Descobri que o PackageKit está mexendo com as atualizações manuais para evitar isso, o processo é morto. Mas desejo desabilitar ou remover este programa (já que faço todas as atualizações manualmente), mas essas opções causarão uma falha no sistema?,
Retirado do site freedesktop.org :
Pessoalmente, nunca tive problemas com isso (na verdade, faço isso em quase todas as instalações limpas do Fedora). No entanto , a resposta sensata seria usar seu sistema com ele desabilitado por um tempo e, em seguida, desinstalá-lo completamente quando tiver certeza de que nada quebra.
Link para mais informações sobre o PackageKit: link
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Encontrei isso no FAQ também: