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Anna1364
Asked: 2018-10-17 08:02:42 +0800 CST

como copiar colunas do arquivo 2 para o arquivo 1 quando algumas colunas correspondem entre 2 arquivos

  • 772

eu tenho um arquivo

head top_candidates
    25 elevation_e gene1 20 9 0.0246022994932004 5 8 10.9217937824527
    30 elevation_e gene1 59 18 0.0246022994932004 7 12 15.653559774527
    31 elevation_e gene3 34 10 0.0246022994932004 6 9 9.47018201139585
    108 elevation_e gene3 18 6 0.0246022994932004 4 7 6.86419248099239

e outro arquivo

head genes.bed
Chr00c0001  52974   70567   gene1
Chr00c0003  32983   33237   gene2
Chr00c0003  36241   36792   gene3
Chr00c0003  100286  101468  gene4
Chr00c0004  80876   93710   gene5

Quero colar as colunas 1,2 e 3 do segundo arquivo para o primeiro arquivo, quando a coluna 4 do arquivo 2 (gene1,2,..) coincidir com a coluna 3 do arquivo 1.

Minha saída desejada:

head desired
25 elevation_e gene1 20 9 0.0246022994932004 5 8 10.9217937824527 Chr00c0001    52974   70567 
30 elevation_e gene1 59 18 0.0246022994932004 7 12 15.653559774527 Chr00c0001    52974   70567 
31 elevation_e gene3 34 10 0.0246022994932004 6 9 9.47018201139585 Chr00c0003    36241   36792
108 elevation_e gene3 18 6 0.0246022994932004 4 7 6.86419248099239 Chr00c0003    36241   36792
awk text-processing

1 respostas

  1. Best Answer

    Que tal

    awk 'NR == FNR {T[$4] = $1 FS $2 FS $3; next} FNR == 1 {print "head desired"; next} {print $0, T[$3]}' file2 file1
head desired
    25 elevation_e gene1 20 9 0.0246022994932004 5 8 10.9217937824527 Chr00c0001 52974 70567
    30 elevation_e gene1 59 18 0.0246022994932004 7 12 15.653559774527 Chr00c0001 52974 70567
    31 elevation_e gene3 34 10 0.0246022994932004 6 9 9.47018201139585 Chr00c0003 36241 36792
    108 elevation_e gene3 18 6 0.0246022994932004 4 7 6.86419248099239 Chr00c0003 36241 36792
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