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user977828
Asked: 2018-10-02 15:15:26 +0800 CST

conteúdo do pwd e que falhou com o sed para ser substituído [duplicado]

  • 772

Tenho um arquivo com o seguinte conteúdo:

BWA='/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa'
SAMTOOLS='/software/samtools/samtools-1.3.1/samtools'

As ferramentas acima estão no meu computador:

  • qual bwa => /work/waterhouse_team/miniconda2/envs/arima/bin/bwa e
  • pwd/hic-fq => /scratch/waterhouse_team/benth/dbg2olc-40x/hic-fq

Em seguida, usei esses dois sedcomandos:

sed -i.bak 's|/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa|$(which bwa)|g' mapping_arima.sh
sed -i.bak 's|/software/samtools/samtools-1.3.1/samtools|$(which samtools)|g' mapping_arima.sh

Infelizmente, como saída, recebi:

BWA='$(which bwa)'
IN_DIR='$(`pwd`)/hic-fq'

Como eu tenho que alterar os sedcomandos para obter:

  • BWA='/work/waterhouse_team/miniconda2/envs/arima/bin/bwa' e
  • IN_DIR=/scratch/waterhouse_team/benth/dbg2olc-40x/hic-fq

Agradeço antecipadamente

sed which

2 respostas

  1. As substituições de comandos $(…)não são expandidas entre aspas simples.

    Você pode tentar:

    sed -i.bak "s|/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa|$(which bwa)|g" mapping_arima.sh
sed -i.bak "s|/software/samtools/samtools-1.3.1/samtools|$(which samtools)|g" mapping_arima.sh

    Mas, se estiver em um script, use:

    #!/bin/sh

file=mapping_arima.sh

from01='/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa'
to01=$(which bwa)

from02='/software/samtools/samtools-1.3.1/samtools'
to02=$(which samtools)

sed -i.bak "s|$from01|$to01|g" "$file"
sed -i.bak "s|$from02|$to02|g" "$file"
    • 2
  2. Best Answer

    Você pode tentar estes comandos em vez disso:

    sed -ri.bak "s#software/bwa/bwa-0.7.12/bwa#`which bwa`#g" mapping_arima.sh
sed -ri.bak "s#software/samtools/samtools-1.3.1/samtools#`which samtools`#g" mapping_arima.sh
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