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user3138373
Asked: 2018-09-14 11:35:04 +0800 CST

Manipulação de colunas usando AWK

  • 772

Tenho um arquivo com mais de 200 colunas. Como propósito de exemplo, estou aqui usando um arquivo com menor número de colunas(9). Abaixo está o arquivo de entrada (algumas linhas)

chr10   181243  225933  1   1   1   10  0   36
chr10   181500  225933  1   1   1   106 0   35
chr10   226069  255828  1   1   1   57  0   37
chr10   243946  255828  1   1   1   4   0   27
chr10   255989  267134  1   1   1   87  0   32
chr10   255989  282777  1   1   1   61  0   34
chr10   267297  282777  1   1   1   61  0   37
chr10   282856  283524  1   1   1   92  0   35
chr10   282856  285377  1   1   1   1   0   15
chr10   283618  285377  1   1   1   72  0   33

Eu quero reorganizar o arquivo de forma que minha última coluna (aqui a 9ª coluna) seja a 4ª coluna no arquivo de saída e depois imprimir todo o resto. Portanto, a saída que estou procurando é

chr10   181243  225933  36  1   1   1   10  0
chr10   181500  225933  35  1   1   1   106 0
chr10   226069  255828  37  1   1   1   57  0
chr10   243946  255828  27  1   1   1   4   0
chr10   255989  267134  32  1   1   1   87  0
chr10   255989  282777  34  1   1   1   61  0
chr10   267297  282777  37  1   1   1   61  0
chr10   282856  283524  35  1   1   1   92  0
chr10   282856  285377  15  1   1   1   1   0
chr10   283618  285377  33  1   1   1   72  0

Em um arquivo com menor número de colunas, posso usar algo assim para obter a saída acima:

awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9,$4,$5,$6,$7,$8}'

Se agora eu tenho um arquivo com um grande número de colunas, como posso colocar a última coluna do arquivo como a 4ª coluna e o resto eu imprimo como está?

awk

2 respostas

  1. Best Answer

    Perl é muito conciso para isso: divida cada linha em palavras, retire a última palavra e insira-a no índice 3 (baseado em 0)

    $ perl -lane 'splice @F, 3, 0, pop(@F); print "@F"' file | column -t
chr10  181243  225933  36  1  1  1  10   0
chr10  181500  225933  35  1  1  1  106  0
...
    • 7

  2. Para substituir o quarto campo pelo último campo:

    awk -v OFS="\t" '{ $4 = $NF; $NF=""; print }

    Para inserir o último campo antes do quarto campo, temos que ser um pouco criativos:

    awk -v OFS="\t" '{temp=$NF; for( i=NF;i>4;i-- ) {$i=$(i-1)}; $4=temp  ; print}'

    Isso preservará o campo final, percorrerá todos os campos e moverá cada um para trás para o quarto para frente e, em seguida, colocará o quarto campo desejado no lugar:

    $ echo {1..10} | awk -v OFS="\t" '{temp=$NF; for( i=NF;i>4;i-- ) {$i=$(i-1)}; $4=temp  ; print}'
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