Como formatar as últimas 3 colunas de um arquivo começando na 30ª guia ou 88º espaço

Isto parece fazê-lo. Sendo uma simples linha de awk, ele deve ser executado rapidamente em um arquivo de linha de 1,2 m. Ao criar um arquivo fictício de 1,3 milhão de linhas, com base em sua amostra, eu o vi completo em 24 segundos em uma VM CentOS 7 básica com 4 GB de memória e GNU Awk 4.0.2.

Para obter algumas respostas precisas do StackExchange, você pode postar sua entrada de amostra no pastebin, junto com a saída de amostra.

$ awk '{printf "%s %-6s%-81s%-12s%-12s%s\n",$1,$2,gensub(/[0-9.-]* +[0-9.-]* +[0-9]$/,"","g",substr($0,10)),$(NF-2),$(NF-1),$NF}' inp | head
AD AD100 Canillo                                                                          42.5833     1.6667      6
AD AD200 Encamp                                                                           42.5333     1.6333      6
AD AD300 Ordino                                                                           42.6        1.55        6
AD AD400 La Massana                                                                       42.5667     1.4833      6
AD AD500 Andorra la Vella                                                                 42.5        1.5         6
AD AD600 Sant Julià de Lòria                                                              42.4667     1.5         6
AD AD700 Escaldes-Engordany                                                               42.5        1.5667      6
AR 3636  POZO CERCADO (EL CHORRO (F), DPTO. RIVADAVIA (S))  Salta A                       -23.4933    -61.9267    3
AR 4123  LAS SALADAS Salta A                                                              -25.7833    -64.5       4
AR 4126  BARADERO Salta A                                                                 -26.0833    -65.263     3
$

Experimente on-line!

Consegui realizar o que acredito que você deseja com o script a seguir, embora não tenha certeza de como funcionará em mais de 1 mil linhas.

#!/usr/local/bin/bash

tmp_dir="$(mktemp -d -t 'text.XXXXX' || mktemp -d 2>/dev/null)"
input=./input
output=./output
tmp_input1=${tmp_dir}/temp_input1.txt
tmp_input2=${tmp_dir}/temp_input2.txt
col1="${tmp_dir}/col1.txt"
col2="${tmp_dir}/col2.txt"
col3="${tmp_dir}/col3.txt"
col4="${tmp_dir}/col4.txt"
col5="${tmp_dir}/col5.txt"
col6="${tmp_dir}/col6.txt"

tr -s ' ' <"$input" > "$tmp_input1"

awk '{print $1}' "$tmp_input1" > "$col1"

awk '!($1="")' "$tmp_input1" > "$tmp_input2"

awk '{print $1}' "$tmp_input2" > "$col2"

awk '!($1="")' "$tmp_input2" > "$tmp_input1"

awk '{print $NF}' "$tmp_input1" > "$col6"

awk '!($NF="")' "$tmp_input1" > "$tmp_input2"

awk '{print $NF}' "$tmp_input2" > "$col5"

awk '!($NF="")' "$tmp_input2" > "$tmp_input1"

awk '{print $NF}' "$tmp_input1" > "$col4"

awk '!($NF="")' "$tmp_input1" > "$tmp_input2"

cat "$tmp_input2" > "$col3"

paste -d'\t' "$col1" "$col2" "$col3" "$col4" "$col5" "$col6"  | column -s$'\t' -t > "$output"

rm -r "$tmp_dir"

Isso cria vários arquivos tmp (um para cada coluna e dois para modificação do arquivo original) e processa através de sua entrada original, removendo uma coluna de cada vez até ficar com a coluna 3. Em seguida, cola todos os arquivos tmp juntos separados por tabulação e usa columnpara formatar essa saída como desejar.

Com sua entrada dada:

$ ./script.sh
$ cat output
AD  AD100  Canillo                                                                42.5833   1.6667    6
AD  AD200  Encamp                                                                 42.5333   1.6333    6
AD  AD300  Ordino                                                                 42.6      1.55      6
AD  AD400  La Massana                                                             42.5667   1.4833    6
AD  AD500  Andorra la Vella                                                       42.5      1.5       6
AD  AD600  Sant Julià de Lòria                                                    42.4667   1.5       6
AD  AD700  Escaldes-Engordany                                                     42.5      1.5667    6
AR  3636   POZO CERCADO (EL CHORRO (F), DPTO. RIVADAVIA (S)) Salta A              -23.4933  -61.9267  3
AR  4123   LAS SALADAS Salta A                                                    -25.7833  -64.5     4
AR  4126   BARADERO Salta A                                                       -26.0833  -65.263   3
AR  4126   EL CUIBAL Salta A                                                      -26.0833  -65.263   3
AR  4126   LA ASUNCION Salta A                                                    -26.0833  -65.263   3
AR  4126   MIRAFLORES (TALA, DPTO. CANDELARIA) Salta A                            -26.0833  -65.263   3
AR  4141   TOLOMBON Salta A                                                       -26.2     -65.9167  4
AR  4141   QUISCA GRANDE Salta A                                                  -26.4367  -65.97    3
AR  4141   LA CIENEGUITA Salta A                                                  -26.4367  -65.97    3
AR  4141   MACHO RASTROJO Salta A                                                 -26.4367  -65.97    3
AR  4190   ROSARIO DE LA FRONTERA Salta A                                         -25.8     -64.9667  4
AR  4190   OVANDO Salta A                                                         -25.8     -65.1     4
AR  4190   SAN ESTEBAN Salta A                                                    -25.8     -65.0333  3
AR  4190   LA BANDA (R. DE LA FRONTERA, DPTO. ROSARIO DE LA FRONTERA) Salta A     -25.8     -65.0333  3
AR  4190   LA MATILDE Salta A                                                     -25.8     -65.0333  3
AR  4190   LAS PIEDRITAS Salta A                                                  -25.8     -65.0333  3
AR  4190   LOS POCITOS Salta A                                                    -25.8     -65.0333  3
AR  4190   OJO DE AGUA (ROSARIO DE LA FRONTERA, DPTO. R.DE LA FRONTERA) Salta A   -25.8     -65.0333  3
AR  4190   POTRERILLO (R. DE LA FRONTERA, DPTO. ROSARIO DE LA FRONTERA) Salta A   -25.8     -65.0333  3