Renomeie vários diretórios usando o comando rename, o nome envolve parênteses

\é um operador de citação na sintaxe do shell, portanto:

rename s/\(Done\)//g *

É o mesmo que executar:

rename 's/(Done)//g' *

E (, )são caracteres especiais na sintaxe de expressão regular perl (que renameusa) e precisam ser prefixados com \(ou alterados para [(]e [)]) para que sejam tratados literalmente.

Então aqui você quer:

rename 's/\s*\(Done\)//g' ./*

Aqui também adicionamos \s*para remover qualquer espaço em branco antes (Done)e um ./prefixo, pois algumas variantes de renameengasgariam com nomes de arquivos que começam com -.

Isso deve funcionar:

rename 's/\(.*\)|\[.*\]//g' *

Caso contrário, sem usar renameo comando (OT):

for file in folder*; do                                                          
    mv "$file" "${file/\(Done\)/}"
done

Usando find:

find topdir -maxdepth 1 -type d -name '* (Done)' -exec sh -c '
    for pathname do
        mv "$pathname" "${pathname%" (Done)"}"
    done' sh {} +

Isso usa findpara escolher os diretórios que têm ␣(Done)no final de seus nomes e, em seguida, usa uma substituição de parâmetro padrão para remover essa string.

Nenhuma verificação é feita para garantir que já não exista um diretório/arquivo com o nome de destino no mesmo diretório.

O sh -cscript acima obviamente poderia ser executado sozinho também, com pequenas modificações para fazer os testes que findfizeram por ele:

for pathname in topdir/*' (Done)'/; do
    mv "$pathname" "${pathname%' (Done)/'}"
done