O pacote yum deve ser removido antes de instalar a partir da fonte

não - você pode impedir que seu pacote seja "atualizado" inibindo isso em yum.conf:

exclude Lista de pacotes a serem excluídos de todos os repositórios, então o yum funciona como se aquele pacote nunca estivesse nos repositórios. Esta deve ser uma lista separada por espaços. Isso é comumente usado para que um pacote não seja atualizado ou instalado acidentalmente, mas pode ser usado para remover pacotes de qualquer maneira que a "lista yum" mostre os pacotes. Globs de shell usando curingas (por exemplo, * e ?) são permitidos.

Mesmo com um pacote personalizado, você ainda deseja manter o yum por perto para outras alterações de pacote.

Quanto ao pacote git , se você não o tivesse desinstalado, o yum ficaria confuso sobre o que poderia ser feito com o pacote, por exemplo, instalar pacotes compatíveis . Como ele se foi, o yum não fará suposições sobre o que você está instalando a partir do código-fonte.

No entanto, se você estiver compilando a partir do código-fonte, vale a pena tentar para ver se consegue construir um pacote usando qualquer arquivo ".spec" incluído. Se funcionar prontamente, isso é uma vantagem (mas não perca tempo se não: muitos desenvolvedores não se preocupam com questões de compatibilidade).