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Anna1364
Asked: 2018-05-03 10:55:56 +0800 CST

como colar parte do nome do arquivo no conteúdo do arquivo?

  • 772

Tenho uma pasta com 1000 arquivos; todos os caracteres antes mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dpse referem ao ID do indivíduo (por exemplo NA21117,NA21119,NA21126,..)

NA21117.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21119.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21126.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20121211.bam_dp
NA21127.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21137.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20120522.bam_dp
NA21142.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21143.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp

Cada arquivo tem apenas uma linha:

cat NA21143.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
1   115258827   10

para cada um desses arquivos, quero colar o ID individual no conteúdo do arquivo e obter uma saída como:

1   115258827   10 NA21143

Há alguma forma de fazer isso?

text-processing

4 respostas

  1. festança simples

    for file in *.bam_dp; do 
    contents=$(< "$file")
    echo "$contents ${file%%.*}" > "$file"
done

    para arquivos de várias linhas, ainda pode ser feito com bash simples

    for file in *.bam_dp; do 
    mapfile -t contents < "$file"
    printf "%s\n" "${contents[@]/%/ ${file%%.*}}" > "$file"
done

    notas:

    • o mapfilecomando lê o arquivo em uma matriz de linhas.
    • a ${var/pattern/string}expansão do parâmetro faz uma pesquisa e substituição no valor da variável. (documentado no manual )
      • se o padrão começa com %o padrão é ancorado no final da string. Aqui, estou combinando o padrão vazio no final da string.
      • a variável pode ser uma expansão de array, caso em que a substituição ocorre para cada elemento do array.

    Francamente, essa abordagem é muito inteligente e eu optaria por algo mais óbvio.

    • 4
  2. Best Answer

    Use um laço:

    #!/bin/bash

shopt -s nullglob
for file in ???????.mapped.*bam_dp; do
  [[ -f "$file" ]] || continue
  id=${file%%.*}              # grab the ID from file name
  sed -i "s/$/ $id/" "$file"  # modify the file in-place
done
    • 2

  3. Remova .* de $ARGV e acrescente \t $ARGV ao arquivo:

    perl -i -pe '$ARGV=~s/\..*//; s/$/\t$ARGV/;' NA*

    A solução de Glenn provavelmente é mais rápida de executar:

    perl -i -lpe '$_ .= " " . substr($ARGV,0,index($ARGV,"."))' NA*

    embora se cada arquivo tiver apenas uma única linha, na maioria das vezes estará procurando na unidade.

    • 2

  4. estranho

    Este método é compatível com as versões GNU (Linux) e BSD (Mac) do awk.

    awk '{ id=FILENAME ; sub(/\..*/,"",id) ; print $0 "\t" id }' *.bam_dp
    • id=FILENAME ; sub(/\..*/,"",id)
      Armazene a primeira parte de cada nome de *.bam_dparquivo (tudo antes do primeiro .) como id.
    • print $0 "\t" id
      Imprima o conteúdo de cada arquivo, depois um caractere de tabulação e, em seguida, o arquivo id.

    Isso imprimirá uma lista com linhas como no seu exemplo:

    1   115258827   10 NA21143

    Os arquivos originais não serão modificados. Você pode salvar essa saída, por exemplo, adicionando > file.txtao final do comando.

    • 1

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