Existe uma diferença de velocidade entre quando lsusbmostra que dois HDDs USB externos estão no mesmo barramento e quando eles estão em barramentos diferentes?
AskOverflow.Dev
Cada barramento USB tem uma certa largura de banda de transporte e, se você maximizar essa largura de banda, dois dispositivos no mesmo barramento terão que compartilhá-la, diminuindo a velocidade de cada um deles, enquanto dois dispositivos em barramentos diferentes com controladores raiz separados não precisarão. Compartilhe.
Então a resposta é: depende.
Você já usou os dois HDDs ao mesmo tempo? Qual é a velocidade máxima de E/S dos HDDs? Que tipo de barramento USB é?