Quando tento pesquisar esse problema, obtenho muitos resultados, mas a maioria deles parece ser sobre temas de cursor do mouse, e não brinquei com isso e não consigo ver como isso poderia explicar os sintomas que vejo.
Quando o cursor do mouse está sobre uma janela do thunderbird, firefox ou um bate-papo (em grupo) do pidgin, o cursor do mouse é 2-4 vezes o tamanho normal, quando sobre janelas com xterm, liferea, pavucontrol, audacious ou o amigo list do pidgin (acho que é tudo o que tenho em execução agora). A exceção é que, se o menu da barra de tarefas do pidgins estiver aberto, o cursor terá o tamanho normal (pequeno), não importa em qual janela o cursor esteja.
Eu uso o i3 como gerenciador de janelas sem gerenciador de desktop no debian Stretch (mas atualizei apenas alguns dias atrás e também vi o problema em Jessie).
Qualquer explicação (e cura) ou apenas dicas de como descobrir o que está errado.
Acabei de descobrir que o problema na verdade não está relacionado à janela, mas ao widget (?) (que ocupa a maior parte dessas janelas, o que provavelmente explica por que não percebi isso antes), aquela que posso usar para digitar mensagens ou aquela em que as mensagens aparecem.
Na verdade, o cursor do mouse também é "pequeno" (de tamanho razoável) quando está sobre a barra de título das janelas. Além disso posso adicionar o Chromium e o Spotify (mas acho que li em algum lugar que novas versões do spotify é principalmente um chromium camuflado) também está na lista de programas que causam o enorme cursor.
Isso tudo me fez pensar que talvez isso se deva a uma questão de (um pobre) tema do cursor do mouse e um fallback (que parece melhor) quando o mouse está sobre algum tipo de janela que não coopera com as partes do gnome que ainda infecta meus sistemas para produzir o enorme cursor do mouse, o que também explica por que bvx89 relatou em um comentário que viu isso em um novo monitor. Isso me fez pesquisar na net por "linux mouse cursor DPI", o que me fez descobrir que o Cursor é enorme no Ubuntu devido ao monitor de alta resolução , que na verdade parece ser o mesmo problema, invertido (ele relata um enorme cursor sobre "sistema dependente coisas" e não pelo firefox). Mas a solução dele (ou seja, selecionar um tema de cursor/ícone com apenas um tamanho - o que não é padrão, mas você pode baixar https://github.a que ele se refere) funcionou para mim, agora meu cursor do mouse tem o mesmo tamanho (são) em todos os lugares.