Ao tentar compilar uma versão antiga do libvirt (para ver se consigo atualizar alguns patches antigos, consulte https://www.redhat.com/archives/libvir-list/2014-March/msg00106.html ), eu obter o erro:
getopt.h:85:29: erro fatal: getopt-pfx-core.h: Arquivo ou diretório inexistente
quando executo make (depois de executar ./autogen.sh).
Isso está no libvirt commit aa50a5c.
Na busca por esse erro ("erro fatal: getopt-pfx-core.h: arquivo ou diretório inexistente") encontro pouquíssimos resultados, mas não parece específico para libvirt, o que faz sentido já que o erro parece ser algo com getopt.
Certifique-se de que você está construindo com uma árvore limpa.
Nesse caso, eu tinha arquivos de uma compilação de um commit muito mais recente.
Corrida:
(aviso, isso exclui coisas na árvore de trabalho que não estão no git!)
e, em seguida, fazer a compilação novamente funcionou.