Todos os aplicativos que existiam na categoria "ferramentas do sistema" foram mesclados na categoria "preferências". Menulibre parece discordar do que estou vendo quando abro o menu, pois mostra apenas os aplicativos originais que pertencem a essa categoria.
Eu tenho uma instalação muito semelhante em meu laptop com a mesma versão e arquitetura do Debian. O menu está bom lá, então copiei esses diretórios: (e reiniciei) (portanto, eles são idênticos no momento e verifiquei duas vezes apenas para ter certeza)
/etc/xdg/menus
/usr/share/application-directories
No entanto, o problema ainda persiste.. É possível que todos os arquivos ".desktop" para os aplicativos na categoria "ferramentas do sistema" tenham sido alterados de alguma forma para que não atendam mais aos critérios designados em "/etc/xdg/menus/ lxde-applications.menu" para a categoria "Sistema"? Como isso explicaria a discrepância entre o menu e o menulibre?
"/etc/xdg/menus/lxde-applications.menu":
<!-- System Tools-->
<Menu>
<Name>System</Name>
<Directory>lxde-system-tools.directory</Directory>
<Include>
<And>
<Category>System</Category>
<Not><Category>Settings</Category></Not>
<Not><Category>PackageManager</Category></Not>
</And>
</Include>
</Menu> <!-- End System Tools -->
<Menu>
<Name>DesktopSettings</Name>
<Directory>lxde-settings.directory</Directory>
<OnlyUnallocated/>
<Include>
<Or>
<Category>Settings</Category>
<Category>PackageManager</Category>
<Category>System</Category>
</Or>
</Include>
<Layout>
<Merge type="menus"/>
<Merge type="files"/>
</Layout>
</Menu> <!-- End Settings -->
Edit: Olhando para um dos aplicativos que não pertencem, Termit, ele tem essas categorias em seu arquivo .desktop: "GTK;System;TerminalEmulator;". O arquivo .desktop do Termit em meu laptop é idêntico, mas aparece no menu Ferramentas do sistema.
Editar 2: criou um novo usuário, o menu estava bom, então deve ser algo no diretório inicial. Encontrei um arquivo "lxde-system-tools.directory" em /.local/share/desktop-directories e o removi, reiniciei, mas o menu permanece o mesmo. Existem outros arquivos de configuração que afetam o menu lxde no diretório inicial?
Um usuário pode ter este arquivo:
que herda o arquivo:
pois é base e pode fazer alterações no menu. Remover esse arquivo e usar apenas o padrão restaurou o menu, e todos os meus aplicativos, incluindo aqueles para os quais adicionei arquivos .desktop manualmente, permaneceram inalterados, então estou me perguntando exatamente o que o arquivo .menu no nível do usuário mudou.
Esses dois arquivos diferentes podem explicar as discrepâncias entre o que o Menulibre estava exibindo e o que o menu estava realmente exibindo.