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Asked: 2017-12-03 02:47:23 +0800 CST

Executando o script R via shell script. erro de sintaxe perto do token inesperado `('

  • 772

No momento, estou tentando executar um script R por meio de um script de shell.

Aqui o script R:

test = rnorm(1:100, 1000)
write.csv(test, 'test.csv')

E aqui o script bash que chama o R:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH [email protected]
#SBATCH --time=00:10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --tasks-per-node=12
#SBATCH --account=myaccount
module purge
module load R
${HOME}/test.R

Acho que fiz tudo certo, mas a saída retorna o seguinte erro:

/mydirectory/test.R: line 3: syntax error near unexpected token `('
/mydirectory/test.R: line 3: `test = rnorm(1:100, 1000)'

Por que recebi esse erro?

bash shell-script

1 respostas

  1. Best Answer

    O problema é que o shell está tentando executar o seu ${HOME}/test.Rcom um bashinterpretador para o qual não está tentando entender a sintaxe da linha número 3. Use o Rinterpretador explicitamente a partir do qual deseja test.Rexecutar.

    Defina o interpretador para o seu Rscriptin test.Rcomo

    #!/usr/bin/env Rscript

module purge
module load R 
test = rnorm(1:100, 1000)
write.csv(test, 'test.csv')

    Dessa forma, com o interpretador definido, agora você pode executá-lo a partir do script de shell como

    Rscript ${HOME}/test.R

    Lembre-se, fazer login no Rshell e executar os comandos nele e experimentá-lo no script do shell não são os mesmos, o Rshell é diferente do bashshell. Você precisa usar a maneira de executar os comandos sem fazer login Rdiretamente na linha de comando e usar a mesma abordagem no script de shell.

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