Como projetar este banco de dados simples?

Com base no que você tem aqui, parece que você deve ser capaz de JOIN Matrix e Updates juntos com base no campo "Name". Se você quiser ver todos os servidores da Matrix que possuem atualizações, você pode fazer algo assim:

SELECT m.Name, m.Description, u.*
FROM Matrix m
INNER JOIN Updates u ON u.Name = m.Name;

Isso é baseado em algumas suposições:

• "Nome" é sua chave primária em ambas as tabelas.
• "Nome" é único na tabela Atualizações (nenhum servidor teria mais de uma entrada).

"O que você faria?"

Se fosse eu, criaria uma tabela de atualizações mais ou menos assim:

table: Updates
Name varchar(16)
TimeFrame varchar(3)
Status varchar(10)

Os dados da linha ficariam assim:

name     TimeFrame Status
Server01 Q1        Done
Server01 Q2        Incomplete
Server01 Q3        Incomplete 

Ele teria uma chave composta (primária) de Name e TimeFrame para garantir exclusividade (porque neste cenário, "Name" será repetido).

A vantagem aqui é que, se o seu prazo para atualizações for alterado/aumentado a qualquer momento (ex: se você começar a fazer atualizações a cada 2 meses, em vez de trimestralmente), você terá a flexibilidade de adicionar mais atualizações sem precisar adicionar uma coluna ao a tabela Atualizações. Claro, estou dizendo isso sem saber quais são os outros campos em Atualizações, então talvez isso não faça sentido. Ou pode haver outras oportunidades de normalização/otimização também.

Eu provavelmente começaria com algo assim:

create table Matrix (
    id           integer primary key auto_increment,
    Name         varchar(30) not null,
    Description  varchar(30) not null
);

create table Updates ( -- Note, singular not possible, conflicts with keyword 'update'.
    id      integer primary key auto_increment,        
    Name    varchar(20) not null
);

create table UpdateStatus (
    id      integer primary key auto_increment,        
    Name    varchar(20)        
);

create table Matrix_Update (
    id_Matrix        integer not null,
    id_Updates       integer not null,
    id_UPdateStatus  integer not null,
    --
    foreign key (id_Matrix      ) references Matrix      (id),
    foreign key (id_Updates     ) references Updates     (id),
    foreign key (id_UpdateStatus) references UpdateStatus(id)
);

Você então preenche suas entradas de Matrix com

insert into Matrix (id, Name, Description) values ( 1, 'Server01', 'First Server');
insert into Matrix (id, Name, Description) values ( 2, 'Server02', 'Second Server');

Da mesma forma, as atualizações são preenchidas assim

insert into Updates (id, Name) values ( 1, 'Q1 Update');
insert into Updates (id, Name) values ( 2, 'Q2 Update');
insert into Updates (id, Name) values ( 3, 'Q3 Update');

Finalmente, insira o possível Update Stati

insert into UpdateStatus (id, Name) values (1, 'Done');
insert into UpdateStatus (id, Name) values (2, 'Incomplete');

Agora, você tem o framework para montar sua "configuração":

insert into Matrix_Update (id_Matrix, id_Updates, id_UpdateStatus) values ( 1, 1, 1);
insert into Matrix_Update (id_Matrix, id_Updates, id_UpdateStatus) values ( 1, 2, 2);
insert into Matrix_Update (id_Matrix, id_Updates, id_UpdateStatus) values ( 1, 3, 2);

Essa "configuração" pode ser consultada com uma consulta dinâmica :

-- Pivot Query
select 
  Matrix.Name                                                MatrixName,
  Matrix.Description                                         MatrixDescription,
  group_concat(if(Updates.id = 1, UpdateStatus.Name, null )) Status1,
  group_concat(if(Updates.id = 2, UpdateStatus.Name, null )) Status2,
  group_concat(if(Updates.id = 3, UpdateStatus.Name, null )) Status3
from
  Matrix_Update                                                                 join
  Matrix               on Matrix_Update.id_Matrix= Matrix.id                    join
  UpdateStatus         on Matrix_Update.id_UpdateStatus       = UpdateStatus.id join
  Updates      Updates on Matrix_Update.id_Updates            = Updates.id
group by 
  Matrix.Name,
  Matrix.Description;

Eu quero que o campo Name de Updates seja sempre uma réplica exata do que está em Matrix.

Com esse design, isso não é problema, pois o nome não é armazenado de forma redundante.

Que tal agora?

CREATE TABLE Matrix
(
    Name        NVARCHAR(256) NOT NULL,
    Description NVARCHAR(1000) NULL,
    Etc         DATATYPE,
    .
    .
)

CREATE TABLE Updates
(
    Name            NVARCHAR(256) NOT NULL,
    UpdateType      VARCHAR(25) NOT NULL, -- Q1 updates, Q2 Updates ...
    UpdateStatus    VARCHAR(25) NOT NULL, -- Done, Imcomplete, InProgress...
)

ALTER TABLE Updates ADD CONSTRAINT FK_Updates_Matrix
FOREIGN KEY (Name) REFERENCES Matrix (Name);