Eu tenho a escolha entre:
2 x X5687 (Processador Intel® Xeon® X5687 - QuadCore (12M Cache, 3,60 GHz, 6,40 GT/s Intel® QPI)
ou 2 x X5690 (Processador Intel® Xeon® X5690 - SixCore (12M Cache, 3,46 GHz, 6,40 GT/s Intel® QPI)
para um novo servidor de banco de dados (SQL 2008 R2 64 bits), minha preferência pessoal é X5690, existem razões que seriam contrárias a uma CPU SixCore versus uma CPU QuadCore?
Para 2008R2, eu levaria os núcleos extras todas as vezes.
Se o servidor puder ser atualizado para Denali/2012 no lançamento, talvez seja necessário levar em consideração a mudança de licenciamento por soquete para licenciamento por núcleo. @MrDenny resumiu bem isso em SQL Server 2012 Licensing Changes .
Obviamente, de uma perspectiva de hardware, eu iria com o X5690. Apenas certifique-se de verificar o contrato de licenciamento que você tem com a Microsoft. Acho que me lembrei de ter lido em algum lugar que há uma opção de licenciamento do SQL Server 2008 que exige que você tenha licenças suficientes por núcleo.
Contanto que você não tenha isso, eu diria para ir com o X5690. Se o seu contrato exigir o licenciamento por núcleo, verifique se mais dois núcleos justificam o aumento no custo.