Quando crio uma chave mestra de banco de dados para um banco de dados:
CREATE MASTER KEY ENCRYPTION BY PASSWORD = 'Some Long Password'
Esta página da Microsoft recomenda que eu faça backup externo:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms174382.aspx
Confirmei por meio de testes que a chave mestra é armazenada quando você faz backup do banco de dados. Já estou fazendo backup do banco de dados, e já estou armazenando a senha com segurança. Então, por que preciso fazer backup da chave mestra também?
(Além disso, já estou fazendo backup da Chave Mestra de Serviço e armazenando fora do local).
Eu os uso principalmente quando estou movendo ou copiando um banco de dados para uma nova instância do SQL Server. Nesse caso, o DMK no banco de dados será criptografado novamente com a chave mestra de serviço da nova instância, mas os objetos criptografados pelo DMK (no seu caso, as chaves simétricas) não serão atualizados de acordo. Você precisará restaurar o DMK de um backup separado usando a opção FORCE para permitir que os objetos sejam descriptografados automaticamente.
E sim, para constar: a corrupção das chaves é rara e elas serão verificadas pelos mesmos mecanismos que qualquer outro dado no banco de dados (ou seja, CHECKDB). No entanto, eu ainda manteria backups de todas as chaves de criptografia que você usa - chaves mestras, certificados, chaves simétricas etc. Em todos esses casos, se você perder a chave, nunca poderá descriptografar os dados associados. Não é necessário fazer backup das chaves a cada backup de banco de dados, mas é uma boa garantia fazer backup delas quando forem criadas ou modificadas.
Da documentação Fazer backup de uma chave mestra de banco de dados
Portanto, se a chave mestra foi corrompida durante o backup, armazenamento ou restauração do banco de dados, os dados criptografados restaurados, incluindo outras chaves/certificados do backup, podem ser irrecuperáveis, juntamente com quaisquer dados que foram usados para criptografar, a menos que você pode fornecer a chave mestra original e não corrompida.