Eu tentei phpsqliteadmin
Mas parece não funcionar mais no PHP 5.4.
Existem várias alternativas, mas nenhuma delas parece ser "The One" que é mantida e amplamente utilizada.
Existe uma interface web de administrador SQLite padrão, (de preferência instalável via apt)
Tente este em vez disso, parece ser mais ativo do que o que você está usando. Outro projeto muito ativo para tais ferramentas com SQLite está aqui . Sua ferramenta não é atualizada há mais de um ano - isso geralmente é um sinal de que o projeto é oprhanware.