Alguns dias atrás, eu tinha uma tabela com 7 GB de dados e mostrava 63 MB de sobrecarga no phpMyAdmin e, por engano, iniciei sua otimização e, depois de trabalhar por mais de 40 minutos, ela corrompeu toda a tabela.
Quais são as práticas seguras para evitar o travamento da tabela?
Eu diria para tentar usar um mecanismo de armazenamento diferente como o InnoDB.
Parece que você estava usando MyISAM, que não é seguro contra falhas. Se você quiser continuar usando o MyISAM e ele travar no futuro, você pode corrigi-lo com um programa externo chamado myisamchk.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/myisamchk.html