Percona MySQL 5.5.33 não lê my.cnf?

Em algum momento, o Percona MySQL no CentOS 6.4 parece ter parado de ler my.cnf, possivelmente depois que o MySQL atualizou para 5.5.33 alguns dias atrás.

Seleção de /etc/my.cnf:

[mysqld]

# GENERAL #
user                    = mysql
default-storage-engine  = InnoDB
socket                  = /var/lib/mysql/mysql.sock
pid_file                = /var/run/mysql.pid
symbolic-links          = 0 

# CHARACTER SET AND COLLATION #
collation-server        = utf8_unicode_ci
character-set-server    = utf8
init-connect            = 'SET NAMES utf8'
init-connect            = 'SET collation_connection = utf8_unicode_ci'

# DATA STORAGE AND LOGGING #
datadir                 = /var/lib/mysql
tmpdir                  = /tmp
slow_query_log_file     = mysql-slow.log
slow_query_log          = 1 
long_query_time         = 8 
log_error               = mysql-error.log

# CACHES AND LIMITS #
max_connections         = 250
max_connect_errors      = 10000
open_files_limit        = 20000
back_log                = 100
wait_timeout            = 10800
interactive_timeout     = 600
max_allowed_packet      = 256M
tmp_table_size          = 512M
max_heap_table_size     = 64M 
query_cache_size        = 32M
thread_cache_size       = 64

Alguma saída de 'mysqld --help --verbose'

log-error                                         mysql-error.log
slow-query-log                                    TRUE
slow-query-log-file                               mysql-slow.log
max-connections                                   250
max-heap-table-size                               67108864

Ok, isso parece bom, corresponde à minha configuração. Que tal entrar no mysql e fazer alguns SHOW VARIABLES:

log_error   /var/lib/mysql/hostname.err
log_slow_queries    OFF
slow_query_log_file /var/lib/mysql/hostname-slow.log
max_connections 151
max_heap_table_size 16777216

Bem, isso não está certo. O log lento está desativado, o log de erros tem o nome errado, a conexão e os tamanhos de heap estão errados e o agrupamento do servidor também está errado.

Processos em execução

root     23533     1  0 12:32 pts/3    00:00:00 /bin/sh /usr/bin/mysqld_safe --datadir=/var/lib/mysql --pid-file=/var/lib/mysql/hostname.pid
mysql    23624 23533 91 12:32 pts/3    01:05:32 /usr/sbin/mysqld --basedir=/usr --datadir=/var/lib/mysql --plugin-dir=/usr/lib64/mysql/plugin --user=mysql --log-error=/var/lib/mysql/hostname.err --pid-file=/var/lib/mysql/hostname.pid

Vejo que o log de erros listado no processo tem o nome errado logo de cara. Eu tentei reiniciar manualmente o mysql de /etc/init.d, via 'service mysql restart', reiniciando todo o servidor. Nada parece fazer o MySQL ler o conf.

Talvez algo esteja quebrando quando mysqld_safe ativa uma instância mysql? Nenhum problema relatado no log de erros quando o servidor é iniciado. Alguma ideia?