Precisa de ajuda com atualização condicional de uma linha de tabela grande (50 milhões)

A primeira coisa que eu faria é dividir um pouco para que você saiba qual parte é mais lenta. Para fazer isso, você vai querer obter planos de execução reais para ambos. Você pode seguir as instruções aqui para fazer isso:

• Como obter respostas para perguntas sobre desempenho do SQL Server

Depois de obtê-los, você pode usar Colar o plano para compartilhá-los se ainda precisar de ajuda.

Você está usando o SQL Server 2014, o que é péssimo, porque existem recursos de desempenho e diagnósticos de plano de consulta em versões mais recentes que realmente ajudariam a descobrir onde e por que as coisas estão lentas.

Primeiro, despeje o conteúdo da junção em uma tabela #temp. Não sei por que você precisa de uma junção esquerda aqui, mas sinta-se à vontade para remover a EXISTSsubconsulta no final se houver um bom motivo para avaliar as linhas que não estão lá.

SELECT
    Filedate,
    Deal = CAST(Deal AS int),
    SLD,
    CurrentStatus,
    StartingDate,
    ClosingDate,
    Rate,
    COF,
    Term,
    Term_GT = 
        DATEDIFF(dd, ApplicationDate, ClosingDate),
    LAG_StartingDate = 
        LAG(StartingDate, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
        ),
    LAG_ClosingDate = 
        LAG(ClosingDate, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
        ),
    LAG_CurrentStatus = 
        LAG(CurrentStatus, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
         ),
    LAG_Rate = 
        LAG(Rate, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
        ),
    LAG_COF = 
        LAG(COF, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
        ),
    LAG_SLD = 
        LAG(SLD, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
        ),
    LAG_Term = 
        LAG(Term, 1) OVER 
        (
            PARTITION BY
                Deal
            ORDER BY
                FileDate
        ),
    LAG_Term_GT = 
        LAG
        (
            DATEDIFF
            (
                DAY,
                ApplicationDate,
                ClosingDate
            ),
            1
        ) OVER 
        (
           PARTITION BY
               Deal
           ORDER BY
                FileDate
        )
INTO #DataTable
FROM DataTable
WHERE FileDate >= DATEADD(DAY, -14, @Date)
AND   EXISTS
(
    SELECT
        1/0
    FROM DataTable AS tb1
    WHERE tb1.Filedate = DataTable.Filedate 
    AND   tb1.Deal = DataTable.Deal
)
OPTION(RECOMPILE) /*If @Date is a local variable and not a parameter*/

Parte dois, fazendo a atualização propriamente dita.

UPDATE
    tb1
SET
    tb1.SLD_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND (tb2.SLD - tb2.LAG_SLD) / (tb2.SLD + 1) >= 0.15
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.StartingDate_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.StartingDate <> tb2.LAG_StartingDate
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.ClosingDate_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.ClosingDate <> tb2.LAG_ClosingDate
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.CurrentStatus_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.CurrentStatus <> tb2.LAG_CurrentStatus
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.Rate_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.Rate <> tb2.LAG_Rate
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.COF_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.COF <> tb2.LAG_COF
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.Term_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.Term <> tb2.LAG_Term
             THEN 1
             ELSE 0
        END,
    tb1.Term_GT_VAR = 
        CASE
             WHEN CalendarDate = tb1.FileDate
             AND  tb2.Term_GT <> tb2.LAG_Term_GT
             THEN 1
             ELSE 0
        END
FROM DataTable AS tb1
JOIN #DataTable AS tb2
  ON  tb1.Filedate = tb2.Filedate
  AND tb1.Deal = tb2.Deal;