Por exemplo, precisei criar um diretório chamado ‘backup’ dentro do datadir(temporariamente) para armazenar um arquivo de backup, mas percebi que o MySQL interpreta esse diretório como um banco de dados dentro do MySQL. Isso é seguro? É possível criar um diretório dentro do datadirMySQL sem pensar que é um banco de dados?"
Não, não é possível criar uma pasta no datadir sem que ela seja tratada como um esquema.
https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/data-directory.html diz:
Se precisar usar o volume do disco para outros arquivos além dos dados MySQL, você deve realocar o caminho datadir para um nível abaixo do ponto de montagem. Em seguida, crie uma pasta irmã para poder armazenar outros arquivos.
Ou adicione outro volume grande ao seu servidor em um ponto de montagem diferente.