Para um ORACLE_SID (serviço?) existe um backup utilizando RMAN configurado e agendado. No SID existem vários bancos de dados, mas apenas um deles precisa de backup dos dados. Para o resto, o backup das definições e configurações é suficiente. Essa configuração do RMAN é possível?
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Resposta curta: Não.
Um Backup RMAN inclui tudo o que é necessário para recuperar esse banco de dados.
Como os "bancos de dados plugáveis" são mais parecidos com "espaços de tabela em esteróides", o único banco de dados real que você tem aqui é o banco de dados do contêiner . Faça backup do Container e você terá tudo dentro dele.
Não há como contornar isso.
Claro, você pode usar outras ferramentas, como Data Dump (expdp & impdp) para extrair arquivos que contenham apenas a estrutura de alguns dos bancos de dados plugáveis e "restaurá-los" independentemente.