"Fundamentos de Sistemas de Banco de Dados", 3ª ed. por Elmasri e Navathe, página 136 diz:
"Podemos ordenar fisicamente os registros de um arquivo em disco com base nos valores de um de seus campos [...]"
Como essa "ordenação física" poderia ser aplicada, especialmente no que diz respeito à fragmentação? A maioria dos bancos de dados usa chamadas de sistema para armazenar seus dados no sistema de arquivos do sistema operacional, apenas muito poucos são capazes de fazer E/S bruta.
Eu acho que é apenas uma virada desleixada da frase pelos autores do livro. Claramente, se você não faz E/S bruta (o que, como você diz, poucos bancos de dados modernos fazem), você tem controle limitado sobre como seus registros são colocados no disco .
Os DBMSes minimizam o efeito da fragmentação potencial de arquivos de banco de dados pelo sistema operacional usando estes métodos:
Veja também isso na Wikipédia.