Executei uma consulta de atualização juntando-se a um grande número de tabelas que atualizaram um campo e correspondeu a 29 mil linhas ímpares. A execução da mesma consulta com apenas uma adição na cláusula Set aumentou as linhas correspondentes para 118 mil linhas ímpares. Parece que isso só deve mudar se a cláusula WHERE for editada.
Acho que acabei de descobrir...
O MySQL deve contar o número de linhas que serão atualizadas, não todas as que serão geradas pela junção que ocorre durante a atualização. A diferença é que se houver muitos [B] para um [A] e muitos [C] para um [B], juntar todos criaria n([C]) linhas, mas atualizar [B] contaria apenas n( [B]). Adicionar um conjunto para [C] torna esse número n([B]) + n([C]).
Como os campos da cláusula set estão em tabelas diferentes, ela altera o número atualizado.