Onde eu definiria o tempo máximo que uma consulta esperará por um bloqueio no MySQL 5.0.68 antes de expirar?
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Por padrão, são 50 segundos
Basta definir innodb_lock_wait_timeout conforme necessário.
Outras configurações de tempo limite que são gerais (não apenas para bloqueios, pois innodb_lock_wait_timeout se aplica apenas a bloqueios de linha do InnoDB) seriam wait_timeout e interativo_timeout (ambos padrão para 28.800)
Se você atingir o tempo limite de 50 segundos do InnoDB, você terá um aplicativo mal projetado!
Esse tempo limite existe para capturar coisas impertinentes que não podem ser capturadas de outra maneira.