SQL Server na instância padrão de máquinas virtuais do Azure

Existe uma maneira de provisionar uma máquina virtual do SQL Server no Azure com uma instância nomeada ou sempre instala o padrão?

Não com as imagens pré-construídas.

Se você provisionar sua própria VM e usar a extensão do agente IaaS, poderá usar a instância nomeada.

Posso instalar uma segunda instância do SQL Server na mesma VM? Posso alterar os recursos instalados da instância padrão?

Sim. A mídia de instalação do SQL Server está localizada em uma pasta na unidade C. Execute Setup.exe a partir desse local para adicionar novas instâncias do SQL Server ou para alterar outros recursos instalados do SQL Server na máquina. Observe que alguns recursos, como Backup Automatizado, Aplicação de Patch Automatizada e Integração do Azure Key Vault, operam apenas na instância padrão ou em uma instância nomeada que foi configurada corretamente.

Posso usar uma instância nomeada do SQL Server com a extensão IaaS?

Sim, se a instância nomeada for a única instância no SQL Server e se a instância padrão original tiver sido desinstalada corretamente. Se não houver instância padrão e houver várias instâncias nomeadas em uma única VM do SQL Server, a extensão do agente IaaS do SQL Server não será instalada.

Ref.:

• Perguntas frequentes para SQL Server em VMs do Azure
• Automatize tarefas de gerenciamento em máquinas virtuais do Azure usando a extensão de agente de IaaS do SQL Server

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https://azure.microsoft.com/en-us/blog/streamlining-your-image-building-process-with-azure-image-builder/