Além do SQL Server Configuration Manager, é possível desabilitar o acesso a protocolos específicos do SQL Server desabilitando o default ENDPOINTs, mas qual a diferença entre as duas opções?
Existem preocupações de segurança em relação à desativação de um e não do outro? (Devo desabilitar os dois?)
Se você desativar o endpoint, outro endpoint desse tipo de conexão poderá ser criado. Se você desativar o protocolo no gerenciador de configuração, nenhum ponto de extremidade para esse tipo de conexão funcionará.
Não há problema de segurança, pois a autenticação normal é necessária para todos os tipos de conexão.