MySql não registra consultas lentas

Configurei o log de consultas lentas para o MySQL 5.7:

[mysqld]
slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /var/log/mysql/slow_query_log.log
long_query_time = 10
log_queries_not_using_indexes = 0

Então, para testá-lo, usei o MySQL Workbench e executei select sleep(12);e verifiquei que vim /var/log/mysql/slow_query_log.logmostra essa consulta.

Então eu achei tudo ótimo. No entanto, meu slow_query_log parece funcionar apenas para minhas consultas de teste, select sleep(12);e não para consultas reais.

Abaixo está um exemplo. Em alguns pontos no meu aplicativo Laravel PHP, eu chamo \DB::enableQueryLog();e Log::debug(\DB::getQueryLog());depois de executar uma consulta, e nesses logs vejo consultas extremamente lentas (241 segundos!?), mas nunca as vi no slow_query_log.log.

array (
'query' => 'select * from `automations` where (`contact_id` = ? and `job_class_name` = ? and `execute_at` = ?) and `automations`.`deleted_at` is null limit 1',
'bindings' =>
array (
  0 => 23030,
  1 => 'App\\Jobs\\SubscribeToWebinarFollowupEmailSeries',
  2 => '2018-12-30 19:13:00',
),
'time' => 241.37,
),

Como posso consertar isso?

_{PS Eu não acho que minha pergunta seja uma duplicata desta porque nos meus testes o log funciona .}