Posso imaginar que seja realmente mais importante explicar as instruções SELECT, mas me pergunto por que não há possibilidade de usar EXPLAIN em UPDATEs/INSERTs. Posso usar uma instrução WHERE em um UPDATE onde os índices estão sendo usados (eu acho?), Deve ser possível ver se eles são realmente usados. Além disso, no caso de usar uma instrução SELECT dentro de um UPDATE, também não posso usar a explicação para esta parte sem obter um erro de sintaxe.
Eu entendi mal algo sobre os processos em UPDATEs e INSERTs? De que outra forma posso depurar essas declarações?
MySQL atualmente não suporta isso (ao contrário de quase todos os outros DBMS).
Acho que isso será em 5.6, mas não tenho certeza.
Não acho que haja nenhuma solução alternativa para isso (exceto atualizar para um DBMS que suporte isso)