Digamos que eu queira 20 empresas mais próximas de um local.
Innodb não suporta isso. Então o que faz?
É possível ter algumas tabelas em algum motor e outras tabelas em motores diferentes?
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Sim, você pode usar o MyISAM para armazenar a localização geográfica, pois eles suportam os tipos de dados espaciais. Para obter mais informações, consulte Tipos de dados sapciais no MySQL
E você também pode usar a mistura de motores, não há problemas nisso.
Veja como projetar um esquema ideal, mais código, para encontrar os 20 mais próximos:
http://mysql.rjweb.org/doc.php/latlng