Se você instalar o MySQL com DB2 Storage Engine, poderá migrar os dados que deseja do DB2 para tabelas MyISAM ou tabelas InnoDB. Em seguida, mysqldump cada tabela MyISAM ou InnoDB para arquivos de texto SQL.
Eu espero que isso ajude !!!
ATUALIZAÇÃO: Eu li a primeira página do link. Diz que a partir do MySQL 5.1.54, esse mecanismo de armazenamento se foi. Se você conseguir obter o MySQL 5.1.35 - 5.1.53 para qualquer sistema operacional IBM, poderá prosseguir a partir daí. Pelo menos, você pode entrar em contato com o MySQL (eh, Oracle [eu odeio dizer isso, simplesmente não sai da língua]) e ver se você pode obter aqueles binários mais antigos.
Anos atrás, vi versões do MySQL disponíveis para determinados sistemas operacionais. Um deles tinha uma versão MySQL para IBM DB2.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/se-db2.html
http://www.redbooks.ibm.com/redbooks/pdfs/sg247705.pdf
http://www.docstoc.com/docs/9314480/IBM-DB2-Storage-Engine-for-MySQL--Presentation
Se você instalar o MySQL com DB2 Storage Engine, poderá migrar os dados que deseja do DB2 para tabelas MyISAM ou tabelas InnoDB. Em seguida, mysqldump cada tabela MyISAM ou InnoDB para arquivos de texto SQL.
Eu espero que isso ajude !!!
ATUALIZAÇÃO: Eu li a primeira página do link. Diz que a partir do MySQL 5.1.54, esse mecanismo de armazenamento se foi. Se você conseguir obter o MySQL 5.1.35 - 5.1.53 para qualquer sistema operacional IBM, poderá prosseguir a partir daí. Pelo menos, você pode entrar em contato com o MySQL (eh, Oracle [eu odeio dizer isso, simplesmente não sai da língua]) e ver se você pode obter aqueles binários mais antigos.