Esta é apenas uma pergunta muito simples antes de eu seguir em frente e destruir tudo.
Encomendei um servidor que terá o Windows Server 2016 instalado, mas agora percebi que as ferramentas que usaremos suportam apenas o SQL Server 2012.
Não tenho certeza, mas acho que o Windows Server e o SQL Server são entidades completamente separadas, então ainda seria bom instalar o SQL Server 2012 em uma máquina Windows Server 2016?
Sim, o sistema operacional (Windows Server) e o banco de dados (SQL Server) são entidades separadas. Portanto, a única questão é a compatibilidade entre esses dois produtos. Acho que foi testado e deve estar ok, mas neste momento o SQL Server 2012 não tem o Windows Server 2016 listado (e não terá, pelo menos não até setembro):
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms143506%28v=sql.110%29.aspx
A melhor coisa que você pode fazer é baixar o Technical Preview mais recente e testá-lo com o SQL Server 2012 em seu ambiente:
https://www.microsoft.com/en-us/evalcenter/evaluate-windows-server-technical-preview