Acabei de tentar instalar o SQL Server 2016 Enterprise, mas notei que o Management Studio não foi instalado por padrão. Também notei que há um link separado para SSMS no guia de instalação que aponta para https://msdn.microsoft.com/en-us/library/mt238290.aspx
Qual foi o motivo dessa decisão?
O seguinte é observado no URL acima:
Esta versão geralmente disponível do SSMS é gratuita e não requer uma licença do SQL Server para instalar e usar.
Talvez seja isso?
Equipe responsável pelo SMSS separou-se e trabalha com ciclo de desenvolvimento próprio. Isso significa que o SMSS é atualizado/lançado com mais frequência e é independente das versões do SQL Server.
O licenciamento que você mencionou é provavelmente outra razão por trás disso (e razoável, se você pensar sobre isso), mas o mais importante é que o SMSS finalmente recebeu a atenção necessária.
O SSMS agora é um produto autônomo. Como a maioria dos produtos autônomos, ele receberá atualizações regulares. Isso deve garantir a estabilidade e dar opções para evoluir o produto ao longo do tempo.