Juntamente com os serviços R integrados no SQL Server 2016, a Microsoft também está oferecendo o Microsoft R Server de nível empresarial como uma instalação autônoma. Parte da documentação do MSDN mostra que o MS R Server autônomo é diferente de um Microsoft R Client de ciência de dados.
Esta é uma imagem da página do MSDN (canto inferior esquerdo): https://msdn.microsoft.com/en-us/library/mt696069.aspx
O link do cliente de ciência de dados leva você aqui: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/mt696067.aspx
Mas o assistente de configuração comenta como se ambos fossem a mesma coisa.
Se alguém tiver alguma clareza sobre isso, por favor, avise.
Parece que encontrei uma resposta para minha própria pergunta ao cavar mais.
Enquanto o servidor autônomo do Microsoft R aborda as limitações de memória do R de software livre adicionando processamento de dados paralelo e em partes, o Microsoft R Client está vinculado à memória; ou seja, ele só pode processar conjuntos de dados que cabem na memória local disponível. No entanto, ele pode operar em grandes volumes de dados se o contexto de computação for definido para uma instância do Microsoft R Server, como SQL Server R Services ou R Server para Hadoop, etc.
O Microsoft R Client possui quase todos os recursos arquitetônicos de um MS R Server - DistributedR, ScaleR (pacote RevoScaleR), ConnectR. DeployR não está disponível no MS R Client.
O Microsoft R Client também possui a Biblioteca do Kernel Matemático para funções não scaleR e pode usar até 2 threads para funções ScaleR em um contexto de computação local.
Uma vantagem que o MS R Client tem no MS R Server é que ele é gratuito para todos. O MS R Server (autônomo) requer uma licença comercial.
Mais detalhes aqui: Microsoft R: uma comparação de produtos