O número real de linhas é muito alto, mesmo com novas tabelas

Eu tenho uma consulta baseada em duas tabelas recém-criadas em SQL Server 2005. Eu criei um índice nessas tabelas. Mas quando escrevo uma consulta com JOINcondição, o número de linhas reais retornadas é muito alto, enquanto o número estimado de linhas é menor. E o plano de consulta usa um loop aninhado. [O diagrama do plano de consulta é fornecido abaixo.] Como essas são novas tabelas, acho que as estatísticas obsoletas usuais não são o motivo aqui.

Posso reescrever esta consulta usando NOT EXISTS(conforme mostrado na Consulta 2) e o número real de linhas é reduzido. Mas tenho outros requisitos para buscar detalhes da tabela LWTest usando INNER JOIN- o alto número de linhas reais é um problema.

Portanto, alguma pista de por que o número real de linhas é tão alto, embora haja índice e estatísticas? O que pode ser feito para derrubá-lo?

Nota: Número de linhas em TransmittedManifests –904. Número de linhas no LWTest -- 829785

ATUALIZAR

Observação2: Compatibility_Level é 90. O tempo decorrido para a Consulta 1 é 64 ms. O tempo decorrido da consulta 2 é de 6 ms.

Nota3: Tentei OPTION (RECOMPILE), reconstruir índice e ATUALIZAR ESTATÍSTICAS COM FULLSCAN nestas duas tabelas. Mas o número real de linhas ainda é alto.

Agradecimentos a Martin Smith pelos detalhes da diferença na contagem por execução (estimativa) e contagem total (real). As linhas reais são contadas em todas as execuções, as estimadas são contadas por execução. Linhas estimadas, linhas reais e contagem de execuções .

Para a Consulta 1, o ActualExecutions="904" para a tabela LWTest.

Consulta

DBCC FREEPROCCACHE
GO
DBCC DROPCLEANBUFFERS
GO

SET STATISTICS IO ON 
PRINT 'BEGIN -----------------------------------------'

--Query 1
SELECT  T.[Manifest]
FROM dbo.TransmittedManifests T
LEFT OUTER JOIN dbo.LWTest LW (NOLOCK)
    ON LW.Manifest = T.Manifest
WHERE LW.Manifest IS NULL

PRINT 'QUERY 1 COMPLETED -----------------------------------------'



--Query 2
SELECT  T.[Manifest]
FROM dbo.TransmittedManifests T
WHERE NOT EXISTS (SELECT Manifest FROM dbo.LWTest L
                  WHERE L.Manifest = T.Manifest
                 )

PRINT 'QUERY 2 COMPLETED -----------------------------------------'


--Query 3
SELECT  T.[Manifest],LineItemID,InvoicedQuantity
FROM dbo.TransmittedManifests T
INNER JOIN dbo.LWTest LW (NOLOCK)
    ON LW.Manifest = T.Manifest

Esquema de tabela

Plano de consulta 1

Plano de consulta 2