Como atualizar mysql my.cnf sem obter erro?

Atualizei o my.confarquivo MySQL e reiniciei meu servidor sem problemas.

Assim que tentei acessar uma mesa recebi o erro

mysql #1033 - Incorrect information in file: 

Reverti o my.cnfarquivo de volta ao original e o servidor está funcionando corretamente.

Estou procurando atualizar algumas das configurações do innodb:

innodb_buffer_pool_size
innodb_additional_mem_pool_size
innodb_log_file_size
innodb_log_buffer_size

Acho que estou vendo que tenho que atualizar o my.cnfarquivo antes de criar qualquer banco de dados no servidor, mas isso não parece certo.

Existe uma maneira de atualizar o my.cnfarquivo após a criação de um banco de dados no servidor?

CentOS 5.6

MySQL 5.0.77

Original:

[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Default to using old password format for compatibility with mysql 3.x
# clients (those using the mysqlclient10 compatibility package).
old_passwords=1

# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks;
# to do so, uncomment this line:
# symbolic-links=0

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

Novo:

[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Default to using old password format for compatibility with mysql 3.x
# clients (those using the mysqlclient10 compatibility package).
old_passwords=1

# This is my configuration!
innodb_buffer_pool_size=4G
innodb_additional_mem_pool_size=20M

innodb_log_file_size=1G
innodb_log_buffer_size=8M

# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks;
# to do so, uncomment this line:
# symbolic-links=0

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid