Como posso mascarar uma referência de variável CMD $(myVar)?

Dentro do script, use SETVAR:

:SETVAR myVar ColumnAlias
SELECT 1 AS [$(myVar)];

Como alternativa, use o -vparâmetro de linha de comando SQLCMD para passar valores de variáveis ​​para o script. Consulte https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms162773.aspx SQLCMD para obter a sintaxe.

EDITAR:

Observe que há dois analisadores envolvidos aqui, SQLCMD e T-SQL. Aspas duplas são necessárias para valores de variáveis ​​SQLCMD quando o valor contém um espaço ou aspas duplas. Aspas duplas dentro dos valores SQLCMD são escapadas com aspas duplas adicionais:

--Double quote enclosure optional
:SETVAR myVar ColumnAlias
:SETVAR myVar "ColumnAlias"
:SETVAR myVar "ThisIsA'ColumnAlias'"

--Double quote enclosure required due to spaces or double quotes
:SETVAR myVar "Column Alias"
:SETVAR myVar "This Is A ColumnAlias"
:SETVAR myVar "This Is A 'ColumnAlias'"
:SETVAR myVar "This Is A ""ColumnAlias"""    

Separadamente, há considerações adicionais dependendo de como o valor da variável SQLCMD é usado nos scripts T-SQL. No seu exemplo, o valor é usado como um identificador (alias de coluna) e já está entre colchetes no script T-SQL. Os colchetes dentro do valor precisam ser escapados com um colchete adicional para análise T-SQL:

:SETVAR myVar [ColumnAlias]]
SELECT 1 AS [$(myVar)];
:SETVAR myVar "[ColumnAlias]]"
SELECT 1 AS [$(myVar)];

No caso de uma string T-SQL literal, as aspas simples precisam ser escapadas não para SQLCMD, mas para análise T-SQL:

:SETVAR myVar "This is a ''string literal''"
SELECT '$(myVar)' AS [String Literal];