Usando mysql e php, gostaria de entender onde os resultados temporários são armazenados. Por exemplo, quando faço uma consulta que retorna um conjunto de dados para processamento pelo php, a conexão com o banco de dados é fechada e o php armazena as informações para uso ou essas informações são mantidas no banco de dados até que o php termine de usá-las?
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Depende do modo utilizado (buffered/unbuffered), conforme explicado no manual do PHP:
Leitura adicional
Esta é a resposta ao "corpo" da sua pergunta. O título dessa pergunta pergunta sobre tabelas temporárias, que são uma coisa diferente, internas ao MySQL. Se você estiver interessado nisso também, está coberto em https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/internal-temporary-tables.html
Simplificando, o MySQL armazena resultados temporários pequenos e mais simples na memória e os maiores e/ou usados em algumas operações mais complexas são armazenados em disco geralmente na pasta temporária.