Minha versão do SQL Developer (4.0.2.15) tem texto branco sobre fundo azul claro (veja abaixo). Não consegui encontrar nas preferências para alterar isso para que fique mais legível. Alguém sabe como fazer o texto uma cor de diferença.
AskOverflow.Dev
O SQL Developer 3.x tinha uma opção de "tema", mas ela foi removida no 4.0, então não tive sorte.
Você pode tentar alterar a opção "Look and Feel" para Windows (não sei o que você obtém em outros sistemas operacionais).
Configurações aqui:
O resultado deve corresponder ao esquema de cores do sistema operacional. Eu entendo isso, por exemplo, que é um pouco mais legível do que o branco padrão no azul: